Naviairs direktion består af en administrerende direktør (CEO) og en økonomidirektør (CFO). Den daglige drift varetages i et samarbejde med driftsdirektøren (COO), den tekniske direktør (CFO) og HR-direktøren (CHRO). Siden 1. januar 2025 har den daglige direktion været udvidet med en kommerciel direktør (CCO). 

Direktionen er ansat af Naviairs bestyrelse til at varetage den daglige ledelse jf. selskabslovens § 117, stk. 1, og skal derved følge de retningslinjer og anvisninger, som bestyrelsen har angivet. Den daglige ledelse omfatter ikke dispositioner, der efter Naviairs forhold er usædvanlig art eller af stor betydning.