Indtægter
Naviairs primære indtægter opkræves fra luftfartsselskaberne som en rate pr. serviceenhed (enhedsrater). Enhedsraterne fastsættes for henholdsvis en route-trafikken i dansk luftrum og start- og landingsafgifter i Københavns lufthavn og Billund lufthavn (TNC- afgifter).
Raterne fastsættes ud fra Naviairs omkostninger til de enkelte tjenester.
Naviairs finansielle tal fremgår af årsrapporterne.